El 15 de febrero de 1966, la universidad convocó a un certamen para la elaboración de un emblema que identificara y expresara sus ideales. El proyecto de escudo elaborado por José Reyes Meza, apoyado en el lema universitario, es el siguiente:
Campo ocre, que simboliza la tierra bajacaliforniana; campo verde, que representa el fruto del trabajo, y circundándolo, cuatro peces y una madreperla, que aluden a la naturaleza peninsular de la entidad. Al centro se ve al hombre, que tiene como base de sustentación un libro del cual se proyecta hacia el universo, representado por el sol fuente de vida, el firmamento (círculo azul), estrella y luna, simbolizando así la plenitud del hombre, que a través de la cultura alcanza los más altos ideales.
Así mismo, podemos apreciar que entre el lema y el escudo existe una perfecta unidad, ya que el profundo significado de la frase se encuentra implícito en el emblema, de tal suerte que contemplamos un hombre sano, vigoroso, en plenitud, revelando la semblanza física que proporciona el cultivo del cuerpo en realización armónica e integral con su aspecto intelectual. Un ser sin limitaciones ni frustraciones; en síntesis, un ser que hace realidad la misión de nuestra universidad.
